/* ============================================================
   FLAIR-AD · charts.css
   Shared D3 chart surfaces and controls (both pages)
   ============================================================ */

.chart-wrap {
  background: var(--c-paper);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-3);
  padding: var(--s-5) var(--s-5) var(--s-4);
  box-shadow: var(--sh-1);
}
.chart-head {
  display: flex;
  justify-content: space-between;
  align-items: baseline;
  gap: var(--s-3);
  margin-bottom: var(--s-3);
  flex-wrap: wrap;
}
.chart-title {
  font-family: var(--f-display);
  font-size: var(--fs-5);
  font-weight: 600;
  letter-spacing: -0.015em;
  color: var(--c-ink);
  margin: 0;
}
.chart-sub {
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: var(--fs-1);
  color: var(--c-ink-3);
  letter-spacing: 0.04em;
}
.chart-svg {
  width: 100% !important;
  height: auto !important;
  display: block;
}
.chart-caption {
  font-size: var(--fs-2);
  color: var(--c-ink-2);
  margin-top: var(--s-3);
  line-height: 1.5;
}
.chart-caption strong { color: var(--c-ink); }

/* Inline download link in chart-head — pushes to far right with auto margin */
.chart-dl {
  margin-left: auto;
  display: inline-flex;
  align-items: center;
  gap: 4px;
  padding: 4px 10px;
  border-radius: var(--r-2);
  background: var(--c-accent-wash);
  color: var(--c-accent-deep);
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: var(--fs-1);
  letter-spacing: 0.02em;
  text-decoration: none;
  white-space: nowrap;
  align-self: center;
  transition: background var(--dur-1) var(--ease);
}
.chart-dl:hover { background: var(--c-accent-wash-2); color: var(--c-accent-deep); }

/* Chart legend */
.chart-legend {
  display: inline-flex;
  gap: var(--s-4);
  align-items: center;
  flex-wrap: wrap;
  font-size: var(--fs-1);
  color: var(--c-ink-2);
  letter-spacing: 0.02em;
  margin-top: var(--s-2);
}
.chart-legend .swatch {
  display: inline-block;
  width: 10px; height: 10px;
  border-radius: 2px;
  margin-right: var(--s-2);
  vertical-align: middle;
}

/* D3 axis styling (overrides d3 defaults when selectors match) */
.chart-svg .domain,
.chart-svg .tick line {
  stroke: var(--c-rule-strong);
}
.chart-svg .tick text {
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: 10px;
  fill: var(--c-ink-3);
  letter-spacing: 0.02em;
}

/* Tooltip shared between charts */
.chart-tooltip {
  position: fixed;
  z-index: 80;
  pointer-events: none;
  background: var(--c-ink);
  color: var(--c-paper);
  padding: var(--s-2) var(--s-3);
  border-radius: var(--r-2);
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: var(--fs-1);
  line-height: 1.45;
  max-width: 260px;
  box-shadow: var(--sh-2);
  opacity: 0;
  transition: opacity var(--dur-1) var(--ease);
}
.chart-tooltip.visible { opacity: 1; }
.chart-tooltip .hd {
  font-family: var(--f-sans);
  font-weight: 600;
  color: #fff;
  letter-spacing: 0;
  margin-bottom: 2px;
}
.chart-tooltip .kv {
  display: flex; justify-content: space-between; gap: var(--s-3);
  color: rgba(255,255,255,0.8);
}
.chart-tooltip .kv strong { color: var(--c-paper); font-weight: 600; }

/* Fallback when data fails */
.chart-fallback {
  padding: var(--s-6);
  text-align: center;
  color: var(--c-ink-3);
  font-size: var(--fs-2);
}
.chart-fallback strong { color: var(--c-ink); display: block; font-size: var(--fs-5); margin-bottom: var(--s-2); }

/* Mini-charts inside evidence cards use the same styling, no chart-wrap border */
.evidence-chart .chart-svg { width: 100%; height: 100%; }

/* Generic chart container used by data.html panels */
.chart-container {
  width: 100%;
  min-height: 160px;
  overflow: visible;
}
.chart-container svg { display: block; overflow: visible; }

/* ── Figure blocks ─────────────────────────────────────────── */
.fig-block {
  margin: var(--s-7) auto 0;
  width: 100%;
  max-width: 680px;
  display: block;
}
.fig-block--wide { max-width: 860px; }
.fig-block--xl   { max-width: 980px; }

/* ── CETCh-seq workflow ────────────────────────────────────── */
.cetseq-wrap {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  align-items: center;
  gap: 6px;
  justify-content: center;
  padding: var(--s-4) var(--s-5);
  background: var(--c-paper-2);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-3);
}
.cetseq-step {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  align-items: center;
  gap: var(--s-2);
  padding: var(--s-3) var(--s-2);
  background: var(--c-paper);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-2);
  min-width: 96px;
  max-width: 110px;
  text-align: center;
  box-shadow: var(--sh-1);
  transition: box-shadow var(--dur-1) var(--ease);
}
.cetseq-step:hover { box-shadow: var(--sh-2); }
.cetseq-step--fail {
  opacity: 0.45;
  background: var(--c-paper-3);
  border-style: dashed;
}
.cetseq-step--output {
  border-color: var(--c-accent);
  background: var(--c-accent-wash, rgba(194,24,91,0.05));
}
.cetseq-icon { line-height: 1; }
.cetseq-title {
  display: block;
  font-size: var(--fs-1);
  font-weight: 600;
  color: var(--c-ink);
  line-height: 1.2;
}
.cetseq-sub {
  display: block;
  font-size: 10px;
  font-family: var(--f-mono);
  color: var(--c-ink-3);
  line-height: 1.3;
}
.cetseq-arrow { display: flex; align-items: center; flex-shrink: 0; }

/* ── Pipeline rows ─────────────────────────────────────────── */
.pipeline-wrap {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--s-4);
  padding: var(--s-5);
  background: var(--c-paper-2);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-3);
}
.pipeline-row {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--s-2);
}
.pipeline-label {
  font-size: var(--fs-2);
  font-weight: 600;
  letter-spacing: 0.02em;
  text-transform: uppercase;
}
.pipeline-steps {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  align-items: center;
  gap: var(--s-1);
}
.pipeline-step {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  padding: var(--s-2) var(--s-3);
  background: var(--c-paper);
  border: 1.5px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-2);
  min-width: 80px;
  transition: border-color var(--dur-1) var(--ease);
}
.pipeline-step--terminal {
  border-color: var(--step-color, var(--c-accent));
  background: color-mix(in srgb, var(--step-color, var(--c-accent)) 6%, var(--c-paper));
}
.pipeline-step-text {
  font-size: var(--fs-2);
  font-weight: 600;
  color: var(--c-ink);
}
.pipeline-step-sub {
  font-size: 10px;
  font-family: var(--f-mono);
  color: var(--c-ink-3);
}
.pipeline-arrow { display: flex; align-items: center; }

/* ── Aim card figures ──────────────────────────────────────── */
.aim-fig {
  border-radius: var(--r-2);
  overflow: hidden;
  background: var(--c-paper-2);
  border: 1px solid var(--c-rule);
}

/* ── Inline section frames (convergence, hub) ──────────────── */
.convergence-frame,
.hub-frame {
  margin: var(--s-8) auto 0;
  max-width: 980px;
  padding: var(--s-6) var(--s-5);
  background: var(--c-paper-2);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-3);
}
.convergence-head,
.hub-head {
  text-align: center;
  max-width: 56ch;
  margin: 0 auto var(--s-4);
}
.convergence-head h3,
.hub-head h3 {
  font-family: var(--f-display);
  font-size: var(--fs-7);
  font-weight: 700;
  color: var(--c-ink);
  margin: var(--s-2) 0 var(--s-2);
  line-height: 1.2;
}
.convergence-head p,
.hub-head p {
  font-size: var(--fs-3);
  line-height: 1.55;
  color: var(--c-ink-2);
  margin: 0;
}
.convergence-frame .fig-block,
.hub-frame .fig-block {
  margin-top: var(--s-5);
}

/* ── Primer section (lay-friendly intro) ───────────────────── */
.section--primer {
  padding-top: var(--s-7);
  padding-bottom: var(--s-7);
}
.section--primer .section-head p {
  max-width: 60ch;
}

/* ── ChIP comparison panel ─────────────────────────────────── */
.chip-compare-wrap {
  display: grid;
  grid-template-columns: 1fr auto 1fr;
  gap: var(--s-4);
  align-items: stretch;
  padding: var(--s-5);
  background: var(--c-paper-2);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-3);
}
.chip-compare-col {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--s-3);
  padding: var(--s-4);
  background: var(--c-paper);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-2);
}
.chip-compare-col--fail {
  opacity: 0.92;
  border-style: dashed;
  background: var(--c-paper-3);
}
.chip-compare-col--win {
  border-color: var(--c-accent);
  background: color-mix(in srgb, var(--c-accent) 4%, var(--c-paper));
}
.chip-compare-label {
  font-size: var(--fs-1);
  font-weight: 700;
  letter-spacing: 0.06em;
  text-transform: uppercase;
  color: var(--c-ink-3);
}
.chip-compare-col--win .chip-compare-label { color: var(--c-accent); }
.chip-compare-title {
  font-family: var(--f-display);
  font-size: var(--fs-6);
  font-weight: 700;
  color: var(--c-ink);
  line-height: 1.25;
}
.chip-compare-body {
  font-size: var(--fs-2);
  color: var(--c-ink-2);
  line-height: 1.5;
  margin: 0;
}
.chip-compare-art {
  margin-top: auto;
  display: block;
  width: 100%;
}
.chip-compare-vs {
  align-self: center;
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: var(--fs-1);
  color: var(--c-ink-3);
  letter-spacing: 0.1em;
  text-transform: uppercase;
  padding: var(--s-2) var(--s-3);
  background: var(--c-paper);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-full);
}

/* ── Microglia primer art ──────────────────────────────────── */
.primer-fig {
  display: block;
  width: 100%;
  height: auto;
}

/* ── Causal chain art ──────────────────────────────────────── */
.causal-wrap {
  display: block;
  width: 100%;
  padding: var(--s-5) var(--s-4);
  background: var(--c-paper-2);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-3);
}

/* ── TIP-seq prose explainer (between flow figure and side-by-side) ── */
.tipseq-prose {
  max-width: 64ch;
  margin: var(--s-6) auto var(--s-4);
  padding: 0 var(--s-5);
  font-size: var(--fs-3);
  line-height: 1.65;
  color: var(--c-ink-2);
  text-align: center;
}
.tipseq-prose p { margin: 0 0 var(--s-3); }
.tipseq-prose p:last-child { margin: 0; }
.tipseq-prose .tipseq-secret {
  position: relative;
  text-align: left;
  margin: var(--s-5) auto;
  padding: var(--s-4) var(--s-5);
  background: color-mix(in srgb, var(--c-accent) 5%, var(--c-paper));
  border-left: 3px solid var(--c-accent);
  border-radius: 0 var(--r-2) var(--r-2) 0;
}
.tipseq-secret-tag {
  display: inline-block;
  margin-bottom: var(--s-2);
  padding: 2px var(--s-2);
  background: var(--c-accent);
  color: var(--c-paper);
  border-radius: var(--r-full);
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: 10px;
  letter-spacing: 0.06em;
  text-transform: uppercase;
  font-weight: 700;
}

/* ── Per-figure tap/click explainer (lay summary of what's happening) ──
   Pill centered above the figure's caption row; body card balanced beneath.
   No left-border (it warred with the centered pill) — softly pink-tinted card
   with a small chevron pip pointing up to the pill so the connection reads. */
.fig-explainer {
  max-width: 60ch;
  margin: var(--s-5) auto var(--s-8);
  padding: 0 var(--s-5);
  text-align: center;
}
.fig-explainer summary {
  position: relative;
  display: inline-flex;
  align-items: center;
  gap: var(--s-2);
  cursor: pointer;
  padding: 7px 18px 7px 10px;
  background: var(--c-paper);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-full);
  box-shadow: var(--sh-1);
  font-family: var(--f-sans);
  font-size: var(--fs-2);
  font-weight: 500;
  color: var(--c-ink-2);
  list-style: none;
  user-select: none;
  transition:
    background var(--dur-1) var(--ease),
    border-color var(--dur-1) var(--ease),
    color var(--dur-1) var(--ease),
    box-shadow var(--dur-1) var(--ease),
    transform var(--dur-1) var(--ease);
}
.fig-explainer summary::-webkit-details-marker { display: none; }
.fig-explainer summary::marker { content: ""; }
.fig-explainer summary::before {
  content: "?";
  flex-shrink: 0;
  display: inline-grid;
  place-items: center;
  width: 20px;
  height: 20px;
  border-radius: 50%;
  background: var(--c-accent);
  color: var(--c-paper);
  font-family: var(--f-sans);
  font-weight: 800;
  font-size: 12px;
  line-height: 1;
  transition: transform var(--dur-2) var(--ease);
}
.fig-explainer summary:hover {
  border-color: var(--c-accent);
  color: var(--c-ink);
  box-shadow: var(--sh-2);
  transform: translateY(-1px);
}
.fig-explainer[open] summary {
  background: var(--c-accent);
  border-color: var(--c-accent);
  color: var(--c-paper);
  box-shadow: 0 6px 18px -10px rgba(194, 24, 91, 0.45);
}
.fig-explainer[open] summary::before {
  background: var(--c-paper);
  color: var(--c-accent);
  transform: rotate(45deg);
}
.fig-explainer-body {
  position: relative;
  margin: var(--s-4) auto 0;
  padding: var(--s-5) var(--s-6);
  background: color-mix(in srgb, var(--c-accent) 4%, var(--c-paper));
  border: 1px solid color-mix(in srgb, var(--c-accent) 22%, var(--c-rule));
  border-radius: var(--r-3);
  text-align: left;
  box-shadow: 0 8px 24px -16px rgba(194, 24, 91, 0.20);
  font-size: var(--fs-2);
  line-height: 1.65;
  color: var(--c-ink-2);
  animation: figExplainerIn var(--dur-2) var(--ease);
}
/* Chevron pip pointing up to the pill */
.fig-explainer-body::before {
  content: "";
  position: absolute;
  top: -7px;
  left: 50%;
  width: 12px;
  height: 12px;
  background: inherit;
  border-top: 1px solid color-mix(in srgb, var(--c-accent) 22%, var(--c-rule));
  border-left: 1px solid color-mix(in srgb, var(--c-accent) 22%, var(--c-rule));
  transform: translateX(-50%) rotate(45deg);
}
.fig-explainer-body p { margin: 0 0 var(--s-3); }
.fig-explainer-body p:last-child { margin: 0; }
.fig-explainer-body strong { color: var(--c-ink); font-weight: 600; }
.fig-explainer-body em { color: var(--c-ink); font-style: italic; }
.fig-explainer-body .mono,
.fig-explainer-body .gene {
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: 0.92em;
  letter-spacing: -0.01em;
}
.fig-explainer-body .gene { color: var(--c-accent); font-weight: 600; }

@keyframes figExplainerIn {
  from { opacity: 0; transform: translateY(-4px); }
  to   { opacity: 1; transform: translateY(0); }
}
@media (prefers-reduced-motion: reduce) {
  .fig-explainer-body { animation: none; }
}
@media (max-width: 600px) {
  .fig-explainer { padding: 0 var(--s-4); margin: var(--s-4) auto var(--s-7); }
  .fig-explainer-body { padding: var(--s-4); font-size: var(--fs-1); }
  .fig-explainer summary { font-size: var(--fs-1); padding: 6px 14px 6px 8px; }
  .fig-explainer summary::before { width: 18px; height: 18px; font-size: 11px; }
}

/* ── TIP-seq vs CETCh-seq side-by-side ─────────────────────── */
.tipseq-wrap {
  display: grid;
  grid-template-columns: 1fr auto 1fr;
  gap: var(--s-4);
  align-items: stretch;
  padding: var(--s-5);
  background: var(--c-paper-2);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-3);
}
.tipseq-col {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--s-3);
  padding: var(--s-5) var(--s-4);
  background: var(--c-paper);
  border: 1px solid var(--c-rule);
  border-radius: var(--r-2);
}
.tipseq-col--lab {
  border-color: rgba(58, 111, 127, 0.4);
  background: color-mix(in srgb, #3a6f7f 4%, var(--c-paper));
}
.tipseq-col--phd {
  border-color: var(--c-accent);
  background: color-mix(in srgb, var(--c-accent) 4%, var(--c-paper));
}
.tipseq-tag {
  font-family: var(--f-mono);
  font-size: var(--fs-1);
  letter-spacing: 0.06em;
  text-transform: uppercase;
  color: #1f4a57;
  font-weight: 700;
}
.tipseq-tag--phd { color: var(--c-accent); }
.tipseq-title {
  font-family: var(--f-display);
  font-size: var(--fs-6);
  font-weight: 700;
  line-height: 1.25;
  letter-spacing: -0.01em;
  color: var(--c-ink);
  margin: 0;
  text-wrap: balance;
}
.tipseq-body {
  font-size: var(--fs-2);
  line-height: 1.55;
  color: var(--c-ink-2);
  margin: 0;
}
.tipseq-art {
  margin-top: auto;
  display: block;
  width: 100%;
  height: auto;
}
.tipseq-foot {
  font-size: var(--fs-1);
  font-family: var(--f-mono);
  color: var(--c-ink-3);
  margin: 0;
  text-align: center;
}
.tipseq-bridge {
  align-self: center;
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--s-2);
  align-items: center;
  text-align: center;
  font-size: var(--fs-1);
  color: var(--c-ink-3);
  font-family: var(--f-mono);
  letter-spacing: 0.04em;
  line-height: 1.4;
  padding: var(--s-2) var(--s-3);
}
.tipseq-bridge-pill {
  width: 36px; height: 36px;
  border-radius: var(--r-full);
  background: var(--c-accent);
  color: var(--c-paper);
  display: grid; place-items: center;
  font-family: var(--f-display);
  font-size: 22px;
  font-weight: 700;
  box-shadow: var(--sh-accent);
}
.tipseq-legend {
  display: flex;
  justify-content: center;
  gap: var(--s-5);
  flex-wrap: wrap;
  font-size: var(--fs-1);
  color: var(--c-ink-3);
  margin-top: var(--s-4);
  font-family: var(--f-mono);
}
.tipseq-legend > span {
  display: inline-flex;
  align-items: center;
  gap: var(--s-2);
}
.tipseq-dot {
  display: inline-block;
  width: 10px; height: 10px;
  border-radius: var(--r-full);
}

@media (max-width: 720px) {
  .tipseq-wrap {
    grid-template-columns: 1fr;
    padding: var(--s-3);
    gap: var(--s-3);
  }
  .tipseq-bridge {
    flex-direction: row;
    justify-self: center;
  }
}

@media (max-width: 600px) {
  .cetseq-step { min-width: 76px; max-width: 90px; padding: var(--s-2); }
  .cetseq-arrow svg { display: none; }
  .cetseq-title { font-size: 10px; }
  .pipeline-steps { gap: 4px; }
  .pipeline-step { min-width: 60px; padding: var(--s-1) var(--s-2); }
  .chip-compare-wrap {
    grid-template-columns: 1fr;
    gap: var(--s-3);
    padding: var(--s-3);
  }
  .chip-compare-vs { justify-self: center; }
  .convergence-frame,
  .hub-frame { padding: var(--s-4) var(--s-3); }
}